Sur la partie amont, on observe l'impact de Parthenay
avec une augmentation des concentrations en azote.
La qualité du Thouet est néanmoins moyenne
dès l'amont de Secondigny pour les matières
azotées hors nitrates et les matières organiques.
La qualité en nitrates est elle aussi moyenne
avec des pics de concentrations en période de ruissellement
sur les terres agricoles.
Une eutrophisation est visible à l'étiage sur le Thouet.
La qualité des affluents du Cébron est moyenne
à mauvaise : ces valeurs reflètent la qualité
des eaux en période d'étiage,
où les
débits des différents ruisseaux sont très
faibles voire nuls. Ces valeurs ne sont donc pas significatives
des apports
au barrage, qui ont lieu essentiellement en période
hivernale. En effet, ces cours d'eau sont issus du drainage
de terres sur substrats imperméables.
On peut noter une nette amélioration de la qualité
des eaux du Ton, grâce aux travaux réalisés
par la ville de Bressuire sur sa station d'épuration.
La qualité de l'Argent et du Thouaret est passable
sur tout le linéaire en raison de rejets agricoles
et domestiques.
La qualité aval du Thouet est globalement passable,
sans impact significatif du rejet de la station d'épuration
de Thouars.