La dégradation provient essentiellement de la
pollution agricole diffuse, avec des concentrations en
nitrates supérieures à 30 mg/l dès
l'amont sur la Sèvre Niortaise, mais aussi sur
les affluents : le Lambon, le Pamproux et l'Egray.
On observe par ailleurs des diminutions ponctuelles de
la concentration en oxygène, notamment lors des
périodes d'étiage.
Depuis 2005, une amélioration de la qualité en
phosphore est à noter à l’aval de
St-Maixent avec la mise en place de la nouvelle station
d’épuration.
Sur la partie aval
L'impact de Niort est significatif sur la dégradation de la qualité de
l'eau.
Le rejet lié à la station d'épuration entraîne
une dégradation de la qualité en azote et phosphore, essentiellement à l'étiage
quand le débit de la Sèvre Niortaise est insuffisant pour
diluer les rejets. La Communauté d'Agglomération de Niort
a mis en place en 2006 une nouvelle station d'épuration pour l’agglomération
, qui traitera de manière plus poussée l'azote et le phosphore
et dont les résultats devraient être visibles sur les analyses
de 2007.
A l'aval de Niort, l'azote et le phosphore sont consommés
par le développement algal et il y a eutrophisation,
caractérisée par les proliférations de végétaux
sur le Marais Poitevin.