Les nitrates sont liés en majorité aux apports de fertilisants agricoles en partie lessivés par les pluies. Ils favorisent les proliférations végétales qui entraînent une dégradation de la qualité des eaux.

Carte de qualité en nitrates 2006
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On observe en 2006 une dégradation globale de la qualité en nitrates avec 90% des points en qualité médiocre ou mauvaise. Ce déclassement est lié aux conditions météorologiques. En effet les mois de Mars et de Décembre, mois de prélèvements, ont été très pluvieux et ont provoqué une augmentation des concentrations.