La qualité de la Boutonne et de ses affluents
est globalement bonne pour ce qui concerne les matières
organiques et les matières azotées hors
nitrates à l'exception des étiages sévères.
La faiblesse des écoulements a mis en relief l'impact
des rejets, notamment d'origine domestique et a entraîné une
chute des concentrations en oxygène dissous.
La dégradation majeure sur le bassin versant est liée au rejet de l'usine Rhodia
dans la Légère.
La dégradation de la qualité est essentiellement
liée aux nitrates avec une mauvaise voire une très
mauvaise qualité dès les sources.
Les rejets domestiques sont visibles à l'aval de
Melle et de Celles-sur-Belle, avec une légère
augmentation des concentrations en phosphore, plus marquée
en 2005 en raison des très faibles débits
d’étiage.